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1949年7月11日，又名葉青的任卓宣在台北《民族報》發表《寄傅斯年先生的一封公開信——論反共教育與自由主義》，指控傅校長不但是蔡元培、胡適兩先生之高足，且繼承北京大學自由講學、自由研究的傳統風氣。出任臺灣大學校長後，亦將自由主義作風帶到臺灣來，在學術自由的掩護下，所聘教授中，竟有共黨分子和親共分子，以致學校成為政治上的特區，院系成為共產黨細菌的溫床，赤焰相當高漲。

傅斯年發表了《傅斯年校長的聲明》和《傅斯年校長再一聲明》，表示「對於文學院教授李霽野無故離職，傳聞前往共區一事，已經校內行政會議決議予以停薪處分，並函請警備司令部派員查明在案，校方完全依法辦理，豈有袒護親共分子之理？學校必定有聞便查，查明便辦，絕不護短。」

從這件事可看出傅校長試著要在中國國民黨的白色恐怖和北京大學式的兼容多元學風中取得平衡的艱苦。

受命於危亂之際，他積極「替台大脫胎換骨」。據說，傅斯年常去找蔣中正要辦學經費，他每去一次陽明山，必定是「滿載而歸」，是敢在蔣中正面前從容蹺起二郎腿、抽著煙斗的人[5]。胡適也感慨：說傅斯年是他「最好的諍友和保護人」。1949年4月6日台灣大學和師大發生「四六事件」，爆發軍隊闖入校園，傅斯年對當局不經法律程序徑行進入台大校園內逮捕師生高度不滿，親自找國民政府官員交涉，要求逮捕台灣大學師生必須經過校長批准。他甚至向台灣警備總司令部司令彭孟緝警告：「若有學生流血，我要跟你拚命！」 。但事後陳誠採取懷柔的措施來安撫社會大眾與台灣大學教職員，並邀傅斯年等台大教授餐敘；會後傅斯年與其他教授表示:「贊同政府整頓學風，惟希望被捕學生除行為不法者，即予依法辦理外，其餘早予保釋，對於各校實際困難問題，亦望能協助解決」，顯見傅斯年亦非一昧支持學生任何行為。

以上是直接從wiki 節錄,但那一段言論是可以找到紀錄的
當時台大跟師大算台灣兩大最高學府搖籃,傅斯年力保學生,師大任政府入校抓學生,所以之後兩大體系出來的學生風格就差比較多
有很長一段時間,師大出來的學生想法都很一致, 偏向自保
台大學生想法相對多元
...個人覺得就學術方面來說,不多元的話很難有新成就出來....

最後總結下,傅斯年是個當之無愧的好校長,而且完全認同自由多元的學風,這是當時威權政治下很有勇氣的人...