《潘朵拉之心》的故事起始，其实要追溯到画面时间的一百年前，那个惨绝人寰的沙布利耶的灭城之夜，所有的因果，全部的任务恩怨，都是由那一夜起源。不过这个故事的叙述时间，则是在昔日曾共同对抗妄图灭世的巴斯卡比鲁子民，并取得了最终胜利的四大公爵家中，处于领袖地位的贝萨流士家下一任家主奥兹·贝萨流士的成人仪式。 　　在这个仪式上，被奥兹视为挚友的侍从基尔巴特被控制，用奥兹的鲜血打开了前往关押重罪者的监狱“阿嵬茨”（另有译作“阿比斯”）的通道，在这个脱离了时空的监牢中，奥兹在生死关头，正式邂逅了频频出现在他梦中，最终改变了他一生命运的少女艾丽丝，灵体的称号是“染血黑兔”，拥有胜过任何灵体的战斗力，艾丽丝与奥兹缔结了非法的灵体契约，帮助奥兹从阿嵬茨回到了现实世界。 　　只是此刻，现实的光阴恍惚已走过了十年，昔日奥兹最重视的好友也已经长大成人，他就像一个被抛离的孩子，在这个陌生的世界里孤独的幼小者。唯一的同伴就是目前生死不明处于灵体状态的艾丽丝。由于奥兹与艾丽丝所缔结的灵体契约是非法的，所以他发挥艾丽丝的能力又是一个极限的时间，超过此限，奥兹本身也会成为堕入阿嵬茨的低级灵体。但是俩人依旧决定在这个时间来到之前一起战斗、并且生存下去，艾丽丝是为了追寻自己失去的记忆，而奥兹则是为了寻找出自己的罪名，两人决定要在这时间已经混乱了的世界上，彼此扶持，向命运追索最终的答案。 漫画目录　　第一本 　　『红色灾难於十五岁的成人仪式来临...奥兹·贝萨流士因为莫须有的罪名而被推落永远的监狱--- 阿比斯，与"爱丽斯"相遇。不可抗拒的命运齿轮，恍如邀请他走向绝望的路... ...』 　　第二本 　　『为了找寻爱丽丝的记忆，奥兹·贝萨流士到访禁忌之地，红色的黑暗再一次降临到他的面前。点缀著那张嘴的诅咒之牙，把悲哀的小羊染红--- 就像要践踏"希望"这个假象一样... ...』 　　第三本 　　『给年轻罪人带来歪念的说话，是忘记不了的记忆残渣。那连自己的存在也被否定的瞳孔，拒绝一切的光明... ...』 　　第四本 　　『为了拯救被笑面猫拐走的爱丽斯，奥兹·贝萨流士踏足被封闭的记忆，并在里面遇上了那个人---所有的事物彷佛都是命中注定的... ...』 　　第五本 　　『100年前的灾害时，爱丽丝住在那儿。被藏起的记忆中，从推论出的结论明白存在的消失……那才好象是拯救她的办法... ...』 　　第六本 　　『披上白衣踏进学园的奥兹他们的面前，红色死神降临。扩散出去的红色和白色的调和在静静的学校引波澜——你自己的心，也好象被扰乱了一样... ...』 　　第七本 　　『为了得到100年前的情报，拜见了四大公爵之一的巴鲁玛的奥兹他们。并且他们看到了被道化师隐藏了的过去——绝不允许忘记过去... ...』 　　第八本 　　『曾经被称为红眼的亡灵的人，与在阿比斯遇见的白色少女是……？在胸口秘密藏着的希望，如同各种各样的罪... ...』 　　第九本 　　『在黑暗中寻求光明，彷徨于曾经的首都沙布利耶的深处的奥兹们。那里有的是真实还是绝望——…。如同寻找着看不到的未来... ...』 　　第十本 　　『进入到沙布尼耶深处的奥兹，看到了古连的可怕幻影；另一方面，得知奥兹等人前往了沙布尼耶巨坑后。埃利奥特和里奥前往搭救他们，却意外的受到了洛蒂等人的袭击，所幸在关键时刻得到了布雷克的帮助，脱离险境；而爱丽丝则看到了杰克的幻影，并且知道了那熟悉旋律的由来......』 　　第十一本 　　『基尔巴特为十年前扎伊.贝萨流士将奥兹放逐到阿嵬茨之事痛恨不已。另一方面沙布利耶悲剧的当事人——亚瑟巴尔马的日记中记载了有关当年沙布利耶事件中古连和杰克之间神秘的诅咒，而巴斯卡比鲁之民还在努力接触诅咒以唤醒古连的觉醒。』 　　第十二本 　　『夏萝他们从亚瑟·巴尔马公爵留下的笔记中找到了封印的一些秘密，而知道是用杰克的身体封印住古连·巴斯卡比鲁的灵魂。而后他们将会去寻找其中一名术者的下落，以问出封印的所在地。』